如何計算lncRNA與基因的表達相關性

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計算lncRNA 與基因的表達相關性

在構建ceRNA 網絡時，需要計算lncRNA 與 蛋白編碼gene  (pc gene） 間的表達相關性，一般采用皮爾遜相關系數。具體如何做呢？

1.  首先獲得lncRNA 的表達矩陣

> head(lncRNA)
     lncRNA1 lncRNA2 lncRNA3 lncRNA4 lncRNA5
sam1    7.80    5.81    6.40    6.11    4.87
sam2    1.47    1.75    2.49    2.20    2.02
sam3    0.00    0.00    1.28    0.00    0.00
sam4    0.00    0.00    1.74    0.00    0.00
sam5    1.83    0.99    0.72    0.69    0.50
sam6    0.00    4.04    0.00    0.00    0.00
> dim(lncRNA)
[1] 100   5

從lncRNA 的表達數據來看，是5個lncRNA 在100個樣本中的表達量矩陣。

2. 獲得 gene 的表達矩陣

> head(gene)
     gene 1 gene 2 gene 3 gene 4
sam1   7.66   7.19   7.30   6.98
sam2   1.34   0.29   1.77   1.61
sam3   0.00   0.00   0.00   0.00
sam4   0.14   0.41   0.56   0.77
sam5   0.50   0.48   0.73   0.27
sam6   0.00   0.00   0.00   0.00
> dim(gene)
[1] 100   4

從基因的表達矩陣來看，是4個基因在100個樣本的表達量矩陣。

3. 計算lncRNA 與gene 的表達相關性

# 相關性計算，就這么簡單
> cor_matrix <- cor(lncRNA,gene)
> cor_matrix
              gene 1       gene 2       gene 3      gene 4
lncRNA1  0.116393943  0.082464228  0.070419800  0.08509885
lncRNA2 -0.001455028 -0.004848818  0.008653588 -0.01047322
lncRNA3  0.027655655  0.019760497  0.029196236  0.00464662
lncRNA4 -0.016414621 -0.024633893 -0.012498862 -0.03835430
lncRNA5 -0.018116788 -0.018668500 -0.013198682 -0.03287980
> pheatmap(cor_matrix)

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