lncRNA與miRNA相互作用數據庫LncBase怎么用

LncRNA與miRNA相互作用數據庫LncBase怎么用

1. 引言

長鏈非編碼RNA（lncRNA）和微小RNA（miRNA）在基因表達調控中扮演著重要角色。它們之間的相互作用對于理解細胞內的復雜調控網絡至關重要。LncBase是一個專門用于研究lncRNA與miRNA相互作用的數據庫，提供了豐富的實驗驗證數據和預測信息。本文將詳細介紹如何使用LncBase數據庫進行相關研究。

2. LncBase數據庫簡介

LncBase是一個綜合性的數據庫，旨在提供lncRNA與miRNA相互作用的詳細信息。它整合了來自多個實驗平臺的數據，包括CLIP-seq、RNA-seq等，并通過生物信息學方法預測了潛在的相互作用。LncBase的主要功能包括：

• 實驗驗證的相互作用：提供經過實驗驗證的lncRNA-miRNA相互作用數據。
• 預測的相互作用：基于序列互補性和其他生物信息學方法預測的相互作用。
• 交互式可視化：提供交互式圖表，幫助用戶直觀地理解相互作用網絡。
• 數據下載：允許用戶下載原始數據和結果，便于進一步分析。

3. 如何使用LncBase數據庫

3.1 訪問LncBase數據庫

首先，打開瀏覽器并訪問LncBase的官方網站：http://www.lncbase.org。在主頁上，您可以看到數據庫的主要功能和導航菜單。

3.2 搜索lncRNA-miRNA相互作用

3.2.1 通過lncRNA搜索

1. 在主頁的搜索框中輸入您感興趣的lncRNA名稱或ID。
2. 點擊“Search”按鈕，系統將返回與該lncRNA相關的所有miRNA相互作用信息。
3. 在結果頁面，您可以查看每個相互作用的詳細信息，包括實驗驗證狀態、預測得分、參考文獻等。

3.2.2 通過miRNA搜索

1. 在搜索框中輸入您感興趣的miRNA名稱或ID。
2. 點擊“Search”按鈕，系統將返回與該miRNA相關的所有lncRNA相互作用信息。
3. 在結果頁面，您可以查看每個相互作用的詳細信息。

3.3 瀏覽和篩選數據

LncBase提供了多種篩選和排序功能，幫助用戶快速找到所需信息。

1. 篩選實驗驗證的相互作用：在結果頁面，您可以選擇只顯示經過實驗驗證的相互作用。
2. 按預測得分排序：您可以根據預測得分對結果進行排序，優先查看高置信度的相互作用。
3. 按物種篩選：LncBase支持多個物種的數據，您可以選擇特定物種進行篩選。

3.4 交互式可視化

LncBase提供了交互式圖表，幫助用戶直觀地理解lncRNA-miRNA相互作用網絡。

1. 在結果頁面，點擊“Visualize”按鈕，系統將生成一個交互式網絡圖。
2. 在網絡圖中，節點代表lncRNA或miRNA，邊代表相互作用。您可以點擊節點或邊查看詳細信息。
3. 您還可以調整圖表的布局和顯示選項，以便更好地理解相互作用網絡。

3.5 數據下載

LncBase允許用戶下載原始數據和結果，便于進一步分析。

1. 在結果頁面，點擊“Download”按鈕，系統將提供多種數據格式（如CSV、TXT等）供您選擇。
2. 選擇所需格式并下載數據，您可以使用這些數據進行后續的生物信息學分析或實驗驗證。

4. 應用案例

4.1 研究lncRNA在癌癥中的作用

假設您正在研究某個lncRNA在癌癥中的調控機制。您可以使用LncBase搜索該lncRNA，查看其與哪些miRNA有相互作用。通過分析這些相互作用，您可以推測該lncRNA可能通過調控miRNA的表達來影響癌癥相關基因的表達。

4.2 驗證預測的相互作用

如果您通過生物信息學方法預測了某個lncRNA-miRNA相互作用，您可以使用LncBase驗證該相互作用是否已被實驗驗證。如果尚未驗證，您可以設計實驗進行驗證，并將結果提交到LncBase，為數據庫貢獻新的數據。

5. 結論

LncBase是一個強大的工具，幫助研究人員探索lncRNA與miRNA之間的復雜相互作用。通過本文的介紹，您應該已經掌握了如何使用LncBase進行相關研究。希望LncBase能為您的科研工作提供有力支持，推動lncRNA和miRNA研究領域的發展。

6. 參考文獻

• LncBase官方網站
• Paraskevopoulou, M. D., et al. (2013). “DIANA-LncBase: experimentally verified and computationally predicted microRNA targets on long non-coding RNAs.” Nucleic Acids Research, 41(D1), D239-D245.
• Vlachos, I. S., et al. (2015). “DIANA-miRPath v3.0: deciphering microRNA function with experimental support.” Nucleic Acids Research, 43(W1), W460-W466.

通過以上步驟，您可以充分利用LncBase數據庫進行lncRNA與miRNA相互作用的研究。希望本文對您有所幫助，祝您科研順利！