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miRNA命名規范有哪些

發布時間:2021-08-03 10:57:41 來源:億速云 閱讀:218 作者:Leah 欄目:大數據

miRNA命名規范有哪些,針對這個問題,這篇文章詳細介紹了相對應的分析和解答,希望可以幫助更多想解決這個問題的小伙伴找到更簡單易行的方法。

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miRNA的研究起步很早,最早發現的miRNA是線蟲中的let-7 和lin-4,隨著越來越多的miRNA被發現,為了方便學術交流,有科學家提出了一套統一的命名規范,對應的文獻如下

A uniform system for microRNA annotation
Ambros, Victor, et al. 3, 2003, RNA, Vol. 9, pp. 277-279

該文獻中的規范主要用于為新發現的miRNA提供一個統一的名字,對于之前發現并在文獻中給出名稱的miRNA, 依然保留其原來的名稱,比如hsa-let-7, 一個典型的成熟miRNA的名稱如下所示

hsa-miR-1290

可以看做由-分隔的3個字段組成,第一個三字母縮寫表示miRNA來源的物種,比如hsa代表human, mmu代表mouse;第二個字段為miR,代表成熟的miRNA;第三個字段位數字,代表miRNA發現的順序。

對于miRNA前體, 只需要miR替換成mir就可以了,比如hsa-mir-1290; 對于來自同一個miRNA前體的兩個成熟miRNA, 分別用-5p-3p的后綴表示,比如hsa-miR-12-5phsa-miR-12-3p。

對于同源性非常高的兩個miRNA, 用小寫的英文字母a, b等進行區分,比如hsa-miR-5a, hsa-miR-5b; 對于由不同基因編產生的完全相同的miRNA,則用添加數字后綴的方式進行區分,比如hsa-miR-1290-1, hsa-miR-1290-2。
以上這些就是一個miRNA命名的基本規則。

miRBase數據庫是miRNA研究最基本的參考數據庫,在該數據庫中,miRNA前體用mir加數字表示, 編號用MI 表示,如hsa-mir-122,  編號為MI00042;成熟miRNA采用miR加數字標識, 編號用MIMAT表示, 如hsa-miR-122-5p對應編號為MIMAT000421。

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關于miRNA命名規范有哪些問題的解答就分享到這里了,希望以上內容可以對大家有一定的幫助,如果你還有很多疑惑沒有解開,可以關注億速云行業資訊頻道了解更多相關知識。

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