miRNA命名規范有哪些,針對這個問題,這篇文章詳細介紹了相對應的分析和解答,希望可以幫助更多想解決這個問題的小伙伴找到更簡單易行的方法。
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miRNA的研究起步很早,最早發現的miRNA是線蟲中的let-7 和lin-4,隨著越來越多的miRNA被發現,為了方便學術交流,有科學家提出了一套統一的命名規范,對應的文獻如下
A uniform system for microRNA annotation
Ambros, Victor, et al. 3, 2003, RNA, Vol. 9, pp. 277-279
該文獻中的規范主要用于為新發現的miRNA提供一個統一的名字,對于之前發現并在文獻中給出名稱的miRNA, 依然保留其原來的名稱,比如hsa-let-7
, 一個典型的成熟miRNA的名稱如下所示
hsa-miR-1290
可以看做由-
分隔的3個字段組成,第一個三字母縮寫表示miRNA來源的物種,比如hsa
代表human, mmu
代表mouse
;第二個字段為miR
,代表成熟的miRNA;第三個字段位數字,代表miRNA發現的順序。
對于miRNA前體, 只需要miR
替換成mir
就可以了,比如hsa-mir-1290
; 對于來自同一個miRNA前體的兩個成熟miRNA, 分別用-5p
和-3p
的后綴表示,比如hsa-miR-12-5p
和hsa-miR-12-3p
。
對于同源性非常高的兩個miRNA, 用小寫的英文字母a
, b
等進行區分,比如hsa-miR-5a
, hsa-miR-5b
; 對于由不同基因編產生的完全相同的miRNA,則用添加數字后綴的方式進行區分,比如hsa-miR-1290-1
, hsa-miR-1290-2
。
以上這些就是一個miRNA命名的基本規則。
miRBase數據庫是miRNA研究最基本的參考數據庫,在該數據庫中,miRNA前體用mir加數字表示, 編號用MI 表示,如hsa-mir-122
, 編號為MI00042
;成熟miRNA采用miR加數字標識, 編號用MIMAT表示, 如hsa-miR-122-5p
對應編號為MIMAT000421
。
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