如何使用python 讀取dicom文件

這篇文章將為大家詳細講解有關如何使用python 讀取dicom文件，文章內容質量較高，因此小編分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后對相關知識有一定的了解。

目標：利用python讀取dicom文件，并進行處理生成info.txt和raw文件

實現：通過pydicom讀取dicom文件

代碼：

import numpy
import pydicom
import os

# dicom文件所在的文件夾目錄
PathDicom = '/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/'

# 篩選出文件夾目錄下所有的dicom文件
lstFilesDCM = []
for dirName, subdirList, fileList in os.walk(PathDicom):
  for filename in fileList:
    if '.dcm' in filename.lower():
      lstFilesDCM.append(os.path.join(dirName, filename))

# Get ref file
RefDs = pydicom.read_file(lstFilesDCM[0])

# Load dimensions based on the number of rows, columns, and slices (along the Z axis)
ConstPixelDims = (int(RefDs.Rows), int(RefDs.Columns), len(lstFilesDCM))

# Load spacing values (in mm)
ConstPixelSpacing = (float(RefDs.PixelSpacing[0]), float(RefDs.PixelSpacing[1]), float(RefDs.SliceThickness))

# save info.txt
info = ConstPixelDims + ConstPixelSpacing
f = open('/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/info.txt', 'w')
for n in info:
  f.write(str(n)+' ')
f.close()


# According to location sorting
location = []
for i in range(len(lstFilesDCM)):
  ds = pydicom.read_file(lstFilesDCM[i])
  location.append(ds.SliceLocation)
location.sort()

# The array is sized based on 'ConstPixelDims'
ArrayDicom = numpy.zeros((len(lstFilesDCM), RefDs.Rows, RefDs.Columns), dtype=RefDs.pixel_array.dtype)

# loop through all the DICOM files
for filenameDCM in lstFilesDCM:
  # read the file
  ds = pydicom.read_file(filenameDCM)
  # store the raw image data
  ArrayDicom[location.index(ds.SliceLocation), :, :] = ds.pixel_array

# save raw
ds = ArrayDicom.tostring()
f = open('/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/1.raw', 'wb')
f.write(ds)
f.close()

代碼編寫過程遇到的問題及解決方法：

Problem one: pydicom版本問題。

pydicom1.x中讀取dicom文件調用pydicom.read_file(filename);

pydicom0.9中讀取dicom文件調用dicom.read_file(filename);

Problem two:python中IO操作

(1) f = open(filename, mode)

其中filename為文件的路徑， mode為操作標識符：‘r' 表示讀， ‘w'表示寫，‘a'表示既可讀又可寫，‘b'表示二進制文件。

(2) f.write(value)

其中參數value必須是字符串類型的。

python有哪些常用庫

python常用的庫：1.requesuts；2.scrapy；3.pillow；4.twisted；5.numpy；6.matplotlib；7.pygama；8.ipyhton等。

關于如何使用python 讀取dicom文件就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，可以學到更多知識。如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到。