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BLAST中blastx和tblastx的區別有哪些

小億
664
2023-08-03 15:42:35
欄目: 編程語言

BLAST中blastx和tblastx是兩種不同的搜索算法,主要區別如下:

  1. 輸入序列類型:blastx用于比對蛋白質序列到蛋白質數據庫,而tblastx用于比對核酸序列到蛋白質數據庫。

  2. 查詢序列的翻譯:blastx將輸入的核酸序列進行六種可能的翻譯(三種正向翻譯和三種反向翻譯),得到六個翻譯的蛋白質序列,然后與蛋白質數據庫進行比對。而tblastx將輸入的核酸序列進行三種正向翻譯和三種反向翻譯,得到六個翻譯的核酸序列,然后與蛋白質數據庫進行比對。

  3. 數據庫搜索:blastx將翻譯后的蛋白質序列與蛋白質數據庫比對,而tblastx將翻譯后的核酸序列與蛋白質數據庫比對。

  4. 比對結果的解讀:blastx給出的比對結果是蛋白質序列的相似度和相似區域的位置,而tblastx給出的比對結果是核酸序列的相似度和相似區域的位置。

總的來說,blastx適用于將蛋白質序列與蛋白質數據庫比對,而tblastx適用于將核酸序列與蛋白質數據庫比對,兩者在輸入序列類型和比對結果解讀上有所不同。

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