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BLAST中tblastn和tblastx的區別有哪些

小億
537
2023-08-03 15:38:31
欄目: 編程語言

tblastn和tblastx都是基于BLAST算法的工具,用于在蛋白質數據庫中搜索與一個核酸序列相關的蛋白質序列。

tblastn是在核酸序列上執行的蛋白質到蛋白質的比對。它將輸入的核酸序列翻譯成六個可能的蛋白質序列,然后與蛋白質數據庫中的序列進行比對。這種方法適用于在核酸序列中尋找蛋白質編碼區域。

tblastx是在核酸序列上執行的核酸到蛋白質的比對。它將輸入的核酸序列轉換為六個可能的蛋白質序列,并與蛋白質數據庫中的序列進行比對。與tblastn相比,tblastx能夠檢測到更多的序列相似性,因為它考慮了核酸序列中的所有六種翻譯。

因此,tblastn適用于在核酸序列中尋找蛋白質編碼區域,而tblastx適用于在核酸序列中尋找與蛋白質序列相關的相似性。

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