bedtools如何求交集

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bedtools求交集 其用法： bedtools intersect [OPTIONS] [-a|-abam]-b BED 輸入文件是bed格式，至少三列，分別...

Bedtools是處理基因組信息分析的強大工具集合，其中 intersect 函數可以求區域之間的交集。

其用法：

bedtools intersect [OPTIONS] [-a|-abam]-b BED

輸入文件是bed格式，至少三列，分別是染色體，起始位置(0-based,  包括)，終止位置  (1-based，不包括)。第四列一般為區域名字，

案例一：包含著染色體位置的兩個文件，分別記為A文件和B文件。分別來自于不同文件的染色體位置的交集是什么？

$ cat A.bed

chr1 10 20

chr1 30 40

$ cat B.bed

chr1 15 25

$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed 

chr1 15 20 

案例二：包含著染色體位置的兩個文件，分別記為A文件和B文件。求A文件中哪些染色體位置是與文件B中的染色體位置有overlap.

$ cat A.bed

chr1 10 20

chr1 30 40

$ cat B.bed

chr1 15 25

$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -wa

chr1 10 20 

案例三： 包含著染色體位置的兩個文件，分別記為A文件和B文件。求對于A文件的染色體位置是否與文件B中的染色體位置有交集。如果有交集，分別輸入A文件的染色體位置和B文件的染色體位置；如果沒有交集，輸出A文件的染色體位置并以'. -1 -1'補齊文件。

$ cat A.bed

chr1 10 20

chr1 30 40

$ cat B.bed

chr1 15 25

$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -loj

chr1 10 20 chr1 15 25

chr1 30 40 . -1 -1

案例四： 包含著染色體位置的兩個文件，分別記為A文件和B文件。對于A文件中染色體位置，如果和B文件中染色體位置有overlap,則輸出在A文件中染色體位置和在B文件中染色體位置，以及overlap的長度.

$ cat A.bed  chr1 10 20 chr1 30 40

$ cat B.bed chr1 15 20 chr1 18 25

$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -wo

chr1 10 20 chr1 15 20 5

chr1 10 20 chr1 18 25 2

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