今天小編給大家分享一下怎么從TCGA數據庫中下載指定類型樣本的數據的相關知識點,內容詳細,邏輯清晰,相信大部分人都還太了解這方面的知識,所以分享這篇文章給大家參考一下,希望大家閱讀完這篇文章后有所收獲,下面我們一起來了解一下吧。
其實可以用TCGAbiolinks 軟件包中的GDCquery 函數,指定sample.type 去篩選樣本。
比如:需要下載實體瘤組織的樣本,那么指定sample.type 為 “Primary solid Tumor”即可:
query <- GDCquery(project = "TCGA-LGG", legacy = TRUE, data.category = "Gene expression", data.type = "Gene expression quantification", platform = "Illumina HiSeq", file.type = "results", experimental.strategy = "RNA-Seq", sample.type = "Primary solid Tumor")
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