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R語言的tcga_gene_exp_download.r怎么用

發布時間:2022-03-21 09:46:50 來源:億速云 閱讀:202 作者:iii 欄目:開發技術

這篇文章主要介紹“R語言的tcga_gene_exp_download.r怎么用”,在日常操作中,相信很多人在R語言的tcga_gene_exp_download.r怎么用問題上存在疑惑,小編查閱了各式資料,整理出簡單好用的操作方法,希望對大家解答”R語言的tcga_gene_exp_download.r怎么用”的疑惑有所幫助!接下來,請跟著小編一起來學習吧!

tcga_gene_exp_download.r  腳本幫助

使用方法:

usage: tcga_gene_exp_download.r [-h] -p project [-f files.per.chunk]
                                [-o outdir]
TCGA 基因表達數據下載及臨床數據下載與整理,詳細幫助見:https://www.億速云.com/article/1485
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -p project, --project project
                        input project ID of TCGA, for example TCGA-STAD,more
                        project ID:https://www.億速云.com/article/1061
                        [required]
  -f files.per.chunk, --files.per.chunk files.per.chunk
                        This will make the API method only download n
                        (files.per.chunk) files at a time. This may reduce the
                        download problems when the data size is too large
                        [default 10]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]

說明:

下載使用的R包為:TCGAbiolinks    長鏈非編碼基因數據:gencodev22

使用命令示例:

Rscript tcga_gene_exp_download.r -p TCGA-STAD

到此,關于“R語言的tcga_gene_exp_download.r怎么用”的學習就結束了,希望能夠解決大家的疑惑。理論與實踐的搭配能更好的幫助大家學習,快去試試吧!若想繼續學習更多相關知識,請繼續關注億速云網站,小編會繼續努力為大家帶來更多實用的文章!

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