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qiime2 18S 分類器構建
##wget -c https://www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/qiime/SILVA_132_QIIME_release.zip ####unzip SILVA_132_QIIME_release.zip qiime tools import \ --type 'FeatureData[Sequence]' \ --input-path SILVA_132_QIIME_release/rep_set/rep_set_18S_only/99/silva_132_99_18S.fna \ --output-path 18S_SILVA132_99_otus.qza qiime tools import \ --type 'FeatureData[Taxonomy]' \ --input-format HeaderlessTSVTaxonomyFormat \ --input-path SILVA_132_QIIME_release/taxonomy/18S_only/99/majority_taxonomy_all_levels.txt \ --output-path 18S_SILVA132_99_taxonomy.qza #長度過濾 qiime rescript filter-seqs-length-by-taxon \ --i-sequences 18S_SILVA132_99_otus.qza \ --i-taxonomy 18S_SILVA132_99_taxonomy.qza \ --p-labels Eukaryota \ --p-min-lens 1400 \ --o-filtered-seqs 18S_SILVA132_nr99-seqs-filt.qza \ --o-discarded-seqs 18S_SILVA132_nr99-seqs-discard.qza #重復序列合并 qiime rescript dereplicate \ --i-sequences 18S_SILVA132_nr99-seqs-filt.qza \ --i-taxa 18S_SILVA132_99_taxonomy.qza \ --p-rank-handles 'silva' \ --p-mode 'uniq' \ --o-dereplicated-sequences 18S_SILVA132-nr99-seqs-derep-uniq.qza \ --o-dereplicated-taxa 18S_SILVA132-tax-derep-uniq.qza #全長分類器構建 qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \ --i-reference-reads 18S_SILVA132-nr99-seqs-derep-uniq.qza \ --i-reference-taxonomy 18S_SILVA132-nr99-tax-derep-uniq.qza \ --o-classifier 18S_SILVA132-nr99-classifier.qza ###http://www.earthmicrobiome.org/protocols-and-standards/18s/ 39 qiime feature-classifier extract-reads \ --i-sequences 18S_SILVA132_99_otus.qza \ --p-f-primer GTACACACCGCCCGTC \ --p-r-primer TGATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC \ --p-max-length 150 \ --o-reads ref-seqs_18S_99_SILVA132_RL150.qza qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \ --i-reference-reads ref-seqs_18S_99_SILVA132_RL150.qza \ --i-reference-taxonomy 18S_SILVA132_99_taxonomy.qza \ --o-classifier 18S_EMB_SILVA132_classifier.qza qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \ --i-reference-reads 18S_SILVA132_99_otus.qza \ --i-reference-taxonomy 18S_SILVA132_99_taxonomy.qza \ --o-classifier 18S_full_SILVA132_classifier.qza
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