溫馨提示×

溫馨提示×

您好,登錄后才能下訂單哦!

密碼登錄×
登錄注冊×
其他方式登錄
點擊 登錄注冊 即表示同意《億速云用戶服務條款》

blast如何批量注釋輸出結果指定需要的列信息

發布時間:2022-03-21 10:37:11 來源:億速云 閱讀:483 作者:iii 欄目:開發技術

今天小編給大家分享一下blast如何批量注釋輸出結果指定需要的列信息的相關知識點,內容詳細,邏輯清晰,相信大部分人都還太了解這方面的知識,所以分享這篇文章給大家參考一下,希望大家閱讀完這篇文章后有所收獲,下面我們一起來了解一下吧。

blast批量注釋輸出結果指定需要的列信息

makeblastdb -in PlantTFDB-all_TF_pep.fas  -dbtype prot -title PlantTFDB-all_TF_pep.fas
#提取基因列表對應的蛋白序列:
python $scriptdir/get_fa_by_id.py  -i ../7.all_enrich/gene.list \
  -f ../7.all_enrich/pep.fa -p query
#轉錄因子blastp注釋
blastp -query query.fa -db Ath_pep.fas  -max_hsps 1  \
  -num_alignments 1 -evalue 1e-5 -num_threads 2   \
  -outfmt "6 qseqid sseqid qlen slen pident length  mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore qcovs stitle"\
  -out tf.blast.out

以上就是“blast如何批量注釋輸出結果指定需要的列信息”這篇文章的所有內容,感謝各位的閱讀!相信大家閱讀完這篇文章都有很大的收獲,小編每天都會為大家更新不同的知識,如果還想學習更多的知識,請關注億速云行業資訊頻道。

向AI問一下細節

免責聲明:本站發布的內容(圖片、視頻和文字)以原創、轉載和分享為主,文章觀點不代表本網站立場,如果涉及侵權請聯系站長郵箱:is@yisu.com進行舉報,并提供相關證據,一經查實,將立刻刪除涉嫌侵權內容。

AI

亚洲午夜精品一区二区_中文无码日韩欧免_久久香蕉精品视频_欧美主播一区二区三区美女