這篇文章將為大家詳細講解有關metascape數據庫有什么用,文章內容質量較高,因此小編分享給大家做個參考,希望大家閱讀完這篇文章后對相關知識有一定的了解。
metascape數據庫富集分析
介紹:生物信息學研究中,獲取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常見。目前有許多生物信息學手段或者數據庫可以實現基因富集分析,例如DAVID,但它們有些是收費的,有些不易于使用且很少維護。例如DAVID曾經有六年的時間(2010-2016)沒有維護數據庫,最近的更新也已經兩年半了。而Metascape每月更新其相關的40多個數據庫,以確保提供最準確的結果。因此Metascape數據庫可以作為富集分析的比較好的手段。
step1:粘貼基因列表或者是上傳基因文件
step2:設置物種
Step3:點Express Analysis
默認的Express Analysis會把許多個數據庫的信號通路混一起,出現各種冗余。比如說默認把Reactome、KEGG、Hallmark和GO數據庫全部一起展示,但是一般我們科研繪圖時會分別展示GO一張圖,以及KEGG一張圖。
因此我們會在custome Analysis里面的enrichment選項中,從下至上,選擇GO相關的數據庫,然后勾選pick selective,然后點擊enrichment analysis
關于metascape數據庫有什么用就分享到這里了,希望以上內容可以對大家有一定的幫助,可以學到更多知識。如果覺得文章不錯,可以把它分享出去讓更多的人看到。
免責聲明:本站發布的內容(圖片、視頻和文字)以原創、轉載和分享為主,文章觀點不代表本網站立場,如果涉及侵權請聯系站長郵箱:is@yisu.com進行舉報,并提供相關證據,一經查實,將立刻刪除涉嫌侵權內容。