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如何利用R語言的ggplot2包繪制KEGG氣泡圖

發布時間:2021-12-14 10:51:18 來源:億速云 閱讀:1443 作者:小新 欄目:大數據

小編給大家分享一下如何利用R語言的ggplot2包繪制KEGG氣泡圖,希望大家閱讀完這篇文章之后都有所收獲,下面讓我們一起去探討吧!

一 載入數據集和R包

library(ggplot2)pathway = read.csv("KEGG.csv",header=TRUE,check.names = FALSE)head(pathway)

如何利用R語言的ggplot2包繪制KEGG氣泡圖

不同軟件得到的KEGG結果的列名稱可能不一致,但是這幾列幾乎都會有。

二 繪制KEGG氣泡圖

2.1初始化數據并繪制散點圖

ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) +geom_point()

如何利用R語言的ggplot2包繪制KEGG氣泡圖

可在以下幾個方面進行優化:

A:標題,橫縱坐標軸;

B:按照通路上基因的多少定義點的大??;

C:根據P值定義點的顏色;

2.2 修改點的大小

#按照Gene個數定義點的大小ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) +geom_point() +geom_point(aes(size=Gene))

如何利用R語言的ggplot2包繪制KEGG氣泡圖

2.3 修改點的顏色

#定義連續型的配色ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+scale_color_gradient(low="green",high = "red")

如何利用R語言的ggplot2包繪制KEGG氣泡圖

三 匯總展示

ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+scale_color_gradient(low="green",high = "red")+ #labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene",  ##expression函數定義函數樣式 []添加下標,^添加上標x="Pvalue",      ##自定義標軸y="Pathway name",title="Pathway enrichment")+ ##自定義坐標軸theme_bw() #去掉背景

如何利用R語言的ggplot2包繪制KEGG氣泡圖

看完了這篇文章,相信你對“如何利用R語言的ggplot2包繪制KEGG氣泡圖”有了一定的了解,如果想了解更多相關知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道,感謝各位的閱讀!

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