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pheatmap()函數畫熱圖如何調整字體為Times New Roman

發布時間:2021-12-20 10:44:20 來源:億速云 閱讀:2008 作者:柒染 欄目:大數據
# pheatmap()函數畫熱圖如何調整字體為Times New Roman

## 引言

在生物信息學和數據可視化領域,熱圖(Heatmap)是一種常用的數據展示方式。R語言中的`pheatmap`包因其高度可定制性而廣受歡迎。然而,默認設置下的字體可能不符合學術出版要求(如Times New Roman字體)。本文將詳細介紹如何通過代碼調整實現這一需求。

---

## 1. 準備工作

### 安裝與加載包
```r
if (!require("pheatmap")) install.packages("pheatmap")
if (!require("extrafont")) install.packages("extrafont")
library(pheatmap)
library(extrafont)

導入Times New Roman字體

# 首次使用需加載系統字體(Windows示例)
font_import(pattern = "times", prompt = FALSE)
loadfonts(device = "win")  # Windows系統
# Linux/Mac需替換為對應設備名,如quartz或pdf

2. 基礎熱圖繪制

示例數據生成

set.seed(123)
data <- matrix(rnorm(100), nrow=10)
rownames(data) <- paste("Gene", 1:10)
colnames(data) <- paste("Sample", 1:10)

默認熱圖

pheatmap(data)

此時字體為R默認字體(通常為Arial或Helvetica)。


3. 字體調整方法

方法一:通過fontfamily參數直接指定

pheatmap(data, 
         fontfamily = "Times New Roman",
         fontsize_row = 12,
         fontsize_col = 12)

注意:此方法可能在某些系統上失效,需配合extrafont包使用。

方法二:使用grid包全局設置

library(grid)
grid.gedit("GRID.text", gp = gpar(fontfamily = "Times New Roman"))

pheatmap(data)

方法三:輸出PDF后修改(推薦)

pdf("heatmap.pdf", family = "Times New Roman")
pheatmap(data)
dev.off()

此方法兼容性最佳,適合論文投稿。


4. 高級定制示例

調整行列標簽字體

pheatmap(data,
         fontfamily_row = "Times New Roman",
         fontfamily_col = "Times New Roman",
         fontsize_row = 14,
         fontsize_col = 14)

圖例字體調整

pheatmap(data,
         fontfamily = "Times New Roman",
         legend_labels = c("Low", "High"),
         legend_breaks = c(-2, 2))

5. 常見問題解決

問題1:字體不生效

  • 解決方案:檢查系統是否安裝Times New Roman字體
    
    fonts()[grep("Times", fonts())]
    

問題2:PDF輸出亂碼

  • 解決方案:指定Unicode編碼
    
    pdf("heatmap.pdf", family = "Times New Roman", encoding = "ISOLatin1")
    

問題3:Mac/Linux兼容性

  • 解決方案:使用PostScript輸出
    
    postscript("heatmap.ps", family = "Times")
    pheatmap(data)
    dev.off()
    

6. 完整代碼示例

library(pheatmap)
library(extrafont)

# 數據準備
data <- matrix(rnorm(100), nrow=10)
rownames(data) <- paste("Gene", 1:10)

# PDF輸出
pdf("final_heatmap.pdf", width=8, height=6, family="Times New Roman")
pheatmap(data,
         color = colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick"))(100),
         fontsize_row = 12,
         fontsize_col = 12,
         main = "Expression Heatmap")
dev.off()

結語

通過上述方法,用戶可以輕松將pheatmap的字體調整為符合學術規范的Times New Roman。推薦優先使用PDF輸出方案,并在最終提交前用Adobe Reader驗證字體嵌入情況(文件屬性→字體標簽)。

提示:期刊投稿時建議同時提供代碼和PDF文件以確??蓮同F性。 “`

(注:實際字數約850字,此處為簡化示例。完整版可擴展故障排查和可視化優化等內容。)

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