pheatmap()函數畫熱圖如何調整字體為Times New Roman

# pheatmap()函數畫熱圖如何調整字體為Times New Roman

## 引言

在生物信息學和數據可視化領域，熱圖（Heatmap）是一種常用的數據展示方式。R語言中的`pheatmap`包因其高度可定制性而廣受歡迎。然而，默認設置下的字體可能不符合學術出版要求（如Times New Roman字體）。本文將詳細介紹如何通過代碼調整實現這一需求。

---

## 1. 準備工作

### 安裝與加載包
```r
if (!require("pheatmap")) install.packages("pheatmap")
if (!require("extrafont")) install.packages("extrafont")
library(pheatmap)
library(extrafont)

導入Times New Roman字體

# 首次使用需加載系統字體（Windows示例）
font_import(pattern = "times", prompt = FALSE)
loadfonts(device = "win")  # Windows系統
# Linux/Mac需替換為對應設備名，如quartz或pdf

2. 基礎熱圖繪制

示例數據生成

set.seed(123)
data <- matrix(rnorm(100), nrow=10)
rownames(data) <- paste("Gene", 1:10)
colnames(data) <- paste("Sample", 1:10)

默認熱圖

pheatmap(data)

此時字體為R默認字體（通常為Arial或Helvetica）。

3. 字體調整方法

方法一：通過fontfamily參數直接指定

pheatmap(data, 
         fontfamily = "Times New Roman",
         fontsize_row = 12,
         fontsize_col = 12)

注意：此方法可能在某些系統上失效，需配合extrafont包使用。

方法二：使用grid包全局設置

library(grid)
grid.gedit("GRID.text", gp = gpar(fontfamily = "Times New Roman"))

pheatmap(data)

方法三：輸出PDF后修改（推薦）

pdf("heatmap.pdf", family = "Times New Roman")
pheatmap(data)
dev.off()

此方法兼容性最佳，適合論文投稿。

4. 高級定制示例

調整行列標簽字體

pheatmap(data,
         fontfamily_row = "Times New Roman",
         fontfamily_col = "Times New Roman",
         fontsize_row = 14,
         fontsize_col = 14)

圖例字體調整

pheatmap(data,
         fontfamily = "Times New Roman",
         legend_labels = c("Low", "High"),
         legend_breaks = c(-2, 2))

5. 常見問題解決

問題1：字體不生效

• 解決方案：檢查系統是否安裝Times New Roman字體

  
  fonts()[grep("Times", fonts())]
  

問題2：PDF輸出亂碼

• 解決方案：指定Unicode編碼

  
  pdf("heatmap.pdf", family = "Times New Roman", encoding = "ISOLatin1")
  

問題3：Mac/Linux兼容性

• 解決方案：使用PostScript輸出

  
  postscript("heatmap.ps", family = "Times")
  pheatmap(data)
  dev.off()
  

6. 完整代碼示例

library(pheatmap)
library(extrafont)

# 數據準備
data <- matrix(rnorm(100), nrow=10)
rownames(data) <- paste("Gene", 1:10)

# PDF輸出
pdf("final_heatmap.pdf", width=8, height=6, family="Times New Roman")
pheatmap(data,
         color = colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick"))(100),
         fontsize_row = 12,
         fontsize_col = 12,
         main = "Expression Heatmap")
dev.off()

結語

通過上述方法，用戶可以輕松將pheatmap的字體調整為符合學術規范的Times New Roman。推薦優先使用PDF輸出方案，并在最終提交前用Adobe Reader驗證字體嵌入情況（文件屬性→字體標簽）。

提示：期刊投稿時建議同時提供代碼和PDF文件以確?？蓮同F性。 “`

（注：實際字數約850字，此處為簡化示例。完整版可擴展故障排查和可視化優化等內容。）