# pheatmap()函數畫熱圖如何調整字體為Times New Roman
## 引言
在生物信息學和數據可視化領域,熱圖(Heatmap)是一種常用的數據展示方式。R語言中的`pheatmap`包因其高度可定制性而廣受歡迎。然而,默認設置下的字體可能不符合學術出版要求(如Times New Roman字體)。本文將詳細介紹如何通過代碼調整實現這一需求。
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## 1. 準備工作
### 安裝與加載包
```r
if (!require("pheatmap")) install.packages("pheatmap")
if (!require("extrafont")) install.packages("extrafont")
library(pheatmap)
library(extrafont)
# 首次使用需加載系統字體(Windows示例)
font_import(pattern = "times", prompt = FALSE)
loadfonts(device = "win") # Windows系統
# Linux/Mac需替換為對應設備名,如quartz或pdf
set.seed(123)
data <- matrix(rnorm(100), nrow=10)
rownames(data) <- paste("Gene", 1:10)
colnames(data) <- paste("Sample", 1:10)
pheatmap(data)
此時字體為R默認字體(通常為Arial或Helvetica)。
fontfamily
參數直接指定pheatmap(data,
fontfamily = "Times New Roman",
fontsize_row = 12,
fontsize_col = 12)
注意:此方法可能在某些系統上失效,需配合extrafont
包使用。
grid
包全局設置library(grid)
grid.gedit("GRID.text", gp = gpar(fontfamily = "Times New Roman"))
pheatmap(data)
pdf("heatmap.pdf", family = "Times New Roman")
pheatmap(data)
dev.off()
此方法兼容性最佳,適合論文投稿。
pheatmap(data,
fontfamily_row = "Times New Roman",
fontfamily_col = "Times New Roman",
fontsize_row = 14,
fontsize_col = 14)
pheatmap(data,
fontfamily = "Times New Roman",
legend_labels = c("Low", "High"),
legend_breaks = c(-2, 2))
fonts()[grep("Times", fonts())]
pdf("heatmap.pdf", family = "Times New Roman", encoding = "ISOLatin1")
postscript("heatmap.ps", family = "Times")
pheatmap(data)
dev.off()
library(pheatmap)
library(extrafont)
# 數據準備
data <- matrix(rnorm(100), nrow=10)
rownames(data) <- paste("Gene", 1:10)
# PDF輸出
pdf("final_heatmap.pdf", width=8, height=6, family="Times New Roman")
pheatmap(data,
color = colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick"))(100),
fontsize_row = 12,
fontsize_col = 12,
main = "Expression Heatmap")
dev.off()
通過上述方法,用戶可以輕松將pheatmap
的字體調整為符合學術規范的Times New Roman。推薦優先使用PDF輸出方案,并在最終提交前用Adobe Reader驗證字體嵌入情況(文件屬性→字體標簽)。
提示:期刊投稿時建議同時提供代碼和PDF文件以確??蓮同F性。 “`
(注:實際字數約850字,此處為簡化示例。完整版可擴展故障排查和可視化優化等內容。)
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