在C#中使用SetWindowsHookEx函數時，由于其底層是調用底層Windows API，因此兼容性較好。然而，需要注意的是，在64位系統上使用SetWindowsHookEx函數時，可能會遇到一些兼容性問題，因為64位系統和32位系統的鉤子過程函數的調用約定不同。因此，在編寫鉤子函數時，需要根據系統的位數選擇正確的調用約定。另外，在使用SetWindowsHookEx函數時，還需要注意權限問題，必須以管理員權限運行才能正常工作。綜上所述，雖然SetWindowsHookEx函數在C#中的兼容性較好，但在特定情況下仍需要注意一些兼容性問題。
