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mirna數據庫的查詢接口有哪些

小樊
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2024-12-22 00:07:41
欄目: 大數據

miRBase、TargetScan、miRTarBase等,都是常見的miRNA數據庫及其查詢接口,以下是關于它們的詳細介紹:

miRBase

  • 簡介:miRBase是目前最廣泛使用的miRNA數據庫之一,包含了全球范圍內已知的miRNA序列及其注釋信息。
  • 查詢方式:用戶可以通過其網站查找特定物種的miRNA數據,并下載需要的序列信息。

TargetScan

  • 簡介:TargetScan是一個用于預測miRNA靶向基因的數據庫。它使用了進化保守性和其他多項預測準則來鑒定可能與miRNA相互作用的靶向基因,并提供了相應的功能注釋和預測結果。
  • 查詢方式:提供了用戶友好的界面,允許用戶根據miRNA或基因進行查詢,獲取相關的靶基因信息。

miRTarBase

  • 簡介:miRTarBase是一個收集和整合已驗證的miRNA靶向關系的數據庫。它提供了大量實驗驗證的miRNA-mRNA相互作用數據,并用于預測和分析靶向關系的可靠性和功能。
  • 查詢方式:用戶可以通過特定的檢索方式,如Undirectional search、Bidirectional search或miRNA-gene matrix,靈活地查詢數據庫。

這些數據庫為研究人員提供了一個集中獲取和共享miRNA相關信息的平臺,極大地促進了miRNA研究的標準化和數據共享。

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