lncRNA（長鏈非編碼RNA）數據庫的數據可視化方法主要涉及將復雜的lncRNA數據轉化為圖形和圖表形式，以便于研究人員理解和解釋。以下是一些常用的數據可視化方法和工具：
常用數據可視化方法
- 基因組瀏覽器：如UCSC Genome Browser、Ensembl Genome Browser和IGV，用于展示基因組的結構信息、基因位置以及各類注釋數據。
- 聚類分析：如層次聚類、K均值聚類，用于將樣本或基因分組，基于它們的特征相似性。
- 熱圖：展示高維數據如基因表達數據，通過顏色梯度顯示樣本之間的基因表達水平。
- 火山圖和散點圖：用于展示基因表達差異和統計顯著性。
- 環形圖和堆疊圖：主要用于展示基因組變異數據，尤其是在展示基因組結構變異時。
- 網絡分析：用于展示基因之間的相互作用，如基因共表達網絡。
推薦的數據可視化工具
- Lnc2Cancer3.0：提供單細胞分析平臺，用于探索癌癥相關的lncRNA。
- OncoLnc：可以對TCGA的mRNA、miRNA、lncRNA進行分析，提供生存分析結果。
- ImmLnc：提供免疫相關lncRNA分析，包括lncRNA在特定癌癥只相關的通路、免疫細胞等相關信息的檢索。
- LncBook：提供人類lncRNA“百科全書”，包含多組學層面的全面注釋，并提供友好的檢索、瀏覽、可視化、分析和下載服務。
- TANRIC數據庫：提供癌癥相關lncRNA的表達情況及功能預測，支持基于lncRNA上外顯子位置信息的查詢。
通過上述方法和工具，研究人員可以更直觀地探索lncRNA的功能和它們在疾病中的作用，從而加速lncRNA領域的研究進展。
