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Ubuntu上如何安裝GROMACS

小樊
326
2024-09-07 21:35:34
欄目: 智能運維

在Ubuntu上安裝GROMACS的步驟如下:

  1. 打開終端(Terminal)。

  2. 更新軟件包列表,輸入以下命令:

sudo apt update
  1. 安裝GROMACS所需的依賴項,輸入以下命令:
sudo apt install cmake build-essential libfftw3-dev libhwloc-dev cmake-data libopenmpi-dev libboost-all-dev
  1. 下載GROMACS源代碼,可以從官方網站下載最新版本:http://www.gromacs.org/Downloads 也可以使用wget命令直接下載,例如下載版本2021.5:
wget http://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2021.5.tar.gz
  1. 解壓下載的源代碼文件:
tar -zxvf gromacs-2021.5.tar.gz
  1. 進入解壓后的目錄:
cd gromacs-2021.5
  1. 創建一個構建目錄并進入:
mkdir build
cd build
  1. 運行cmake來配置編譯選項:
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON

這里,我們啟用了自帶的FFTW庫,并下載回歸測試所需的數據。你可以根據需要調整其他選項。

  1. 編譯GROMACS:
make
  1. 安裝GROMACS:
sudo make install
  1. 為了在終端中方便地運行GROMACS,你可以將其添加到系統路徑中:
echo "export PATH=\$PATH:/usr/local/gromacs/bin" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

現在你已經成功地在Ubuntu上安裝了GROMACS,可以通過在終端中輸入gmx來運行它。

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