在Ubuntu上安裝GROMACS的步驟如下:
打開終端(Terminal)。
更新軟件包列表,輸入以下命令:
sudo apt update
sudo apt install cmake build-essential libfftw3-dev libhwloc-dev cmake-data libopenmpi-dev libboost-all-dev
wget
命令直接下載,例如下載版本2021.5:wget http://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2021.5.tar.gz
tar -zxvf gromacs-2021.5.tar.gz
cd gromacs-2021.5
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
這里,我們啟用了自帶的FFTW庫,并下載回歸測試所需的數據。你可以根據需要調整其他選項。
make
sudo make install
echo "export PATH=\$PATH:/usr/local/gromacs/bin" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
現在你已經成功地在Ubuntu上安裝了GROMACS,可以通過在終端中輸入gmx
來運行它。