VNC（如TigerVNC）基于原生RFB協議，依賴本地桌面環境渲染，低帶寬環境下延遲明顯（如實時操作卡頓、畫面撕裂），但支持多顯示器擴展、高分辨率顯示等基礎功能。X2Go基于優化的NX3協議，集成SSH隧道加密與數據壓縮，在低帶寬（如10Mbps以下）或高延遲（＞50ms）網絡中表現更穩定，實時操作（如文檔編輯、代碼編寫）的響應速度優于VNC，且資源占用更低（適合老舊設備或遠程服務器）。
VNC默認采用非加密傳輸，需手動配置SSH隧道（ssh -L 5901:localhost:5901 user@server）或使用加密版VNC（如TightVNC）才能保障數據安全，配置過程對新手不友好。X2Go原生支持SSH加密，所有通信（包括鍵盤輸入、鼠標操作、文件傳輸）均通過SSH隧道傳輸，無需額外設置，安全性更高。
VNC主要提供遠程桌面訪問功能，部分實現（如TigerVNC）支持文件共享，但需依賴第三方工具（如Samba）實現跨設備傳輸，且不支持音頻傳輸（無法遠程播放聲音）。X2Go支持音頻傳輸（遠程播放音樂/視頻）、剪貼板同步（雙向復制粘貼）、文件共享（直接拖拽傳輸文件）、多會話管理（同時運行多個遠程會話）等功能，更符合日常辦公需求。
VNC安裝配置較靈活：以Ubuntu為例，可通過sudo apt install tigervnc-standalone-server快速安裝，但需手動編輯~/.vnc/xstartup文件配置桌面環境（如指定startxfce4啟動XFCE），且不同VNC實現（如RealVNC、TigerVNC）的配置差異較大。X2Go提供圖形化管理工具（x2goclient），支持一鍵連接、會話保存、參數調整（如分辨率、色彩深度），新手可通過向導快速完成配置（選擇服務器IP、用戶名、桌面環境即可連接）。
VNC客戶端支持廣泛，幾乎所有主流操作系統（Windows、macOS、Linux）均有成熟的VNC客戶端（如RealVNC Viewer、TigerVNC Viewer），但服務器端需根據桌面環境調整配置（如GNOME桌面需修改~/.xsession文件）。X2Go客戶端支持Windows、macOS、Linux，但服務器端僅支持Linux系統（如Ubuntu、Debian、CentOS），適合需要從多設備訪問Linux服務器的場景。
VNC適合局域網內基礎遠程訪問（如家庭電腦控制辦公室電腦、IT運維調試設備），對性能要求不高且熟悉配置的用戶。X2Go適合低帶寬/高延遲環境（如異地辦公、遠程服務器管理）、需要豐富功能（音頻、文件傳輸）的用戶，以及頻繁訪問Linux服務器的場景（如開發人員遠程編譯代碼、設計師遠程運行圖形軟件）。
